A SEED Kisvállalkozás-fejlesztési Alapítvány alapítása óta kiemelkedően fontosnak tartja, hogy tevékenységét megfelelő szabályozottság és magas minőségi kritériumok alapján végezze, s ezáltal ügyfeleit a lehető legmagasabb színvonalon tudja kiszolgálni. Emellett, az alapítók szándékainak megfelelően, a szervezet a kezdetektől nagy súlyt helyez a környezettudatosságra, a fenntarthatóság elveivel összhangban lévő működésre. Mindezek érdekében öt kiemelt tevékenységi területén (felnőttképzés, kutatás, eseti tanácsadás, projekt jellegű tanácsadás, rendezvényszervezés) vezetett be minőségirányítási és környezetközpontú irányítási rendszert, előbbit 2009-ben, utóbbit 2012-ben.
A két rendszert magába foglaló integrált irányítási rendszert (IIR) a közelmúltban auditálta a CERTOP Termék- és Rendszertanúsító Kft. A 2018. június 20-án lefolytatott audit eredményeképpen a SEED újabb három évre kapta meg a tanúsítványt, amely szerint a szervezet megfelel az ISO 9001:2015 és az ISO 14001:2015 szabványok követelményeinek.
Annak érdekében, hogy biztosítva legyen az IIR fenntarthatósága, adminisztratív feladatainak ellátása és fejlesztése, a SEED valamennyi munkatársa tisztában van a folyamatokkal, feladatait azoknak megfelelően látja el, figyelve a környezeti tényezőket, amivel a fenntartható fejlődést segíti elő a szervezet.
A munkatársak rendszeres szakmai képzéseken vesznek részt, amelyek eredményességét az Alapítvány értékeli. A stratégiai irányvonalaknak megfelelően a SEED minden évben minőség- és környezeti célokat tűz ki, amelyek megvalósulását nyomon követik.
Az üzleti célok elérése mellett tehát a SEED Alapítvány a környezetközpontú működés iránti feltétlen elkötelezettségre és a környezet megóvására is fokozott hangsúlyt helyez.
A minőségi és a környezeti elvárásoknak való megfelelés biztosítja, hogy a SEED tevékenységeinek színvonala mind az érdekelt felek igényeinek, mind a jogszabályi követelményeknek maradéktalanul megfeleljen.